Você já utilizou o comando cp e depois da cópia verificou permissões, atributos e timestamp do arquivo?
Ele por padrão não preserva e é necessário expressar isso.
Preservando as permissões:
cp --preserve=mode
Preservando a propriedade:
cp --preserve=ownership
Preservando o timestamp:
cp --preserve=timestamps
Ainda é possível preservar tudo do arquivo original:
cp --preserve=all
